这一时期，由于国家经济形势的飞速发展，能源短缺现象日趋严重，国家核电产业迎来第二轮发展的新时期。我公司成功地获得了国家“九五”期间建造的全部四个核电项目核岛安装工程合同，在国家第二轮核电建设中发挥了重要作用。 

2002年4月15日，秦山二期核电站1号机组提前47天投入商业运行；2004年5月3日，2号机组投入商业运行。

2002年5月28日，岭澳一期核电站1号机组比计划提前48天投入商业运行；2003年1月8日，2号机组提前66天投入商业运行。

2002年12月31日，秦山三期核电站1号机组提前43天正式投入商业运行；2003年7月24日，2号机组正式投入商业运行，比计划进度提前112天。

这一时期，公司还先后参与建设了海南某工程、中国原子能科学研究院快中子实验反应堆、中国先进研究堆、神舟飞船模拟舱KM6工程、中国工程物理研究院NP项目、航空一集团624工程等国防系统工程，成功开发并完成了美国通用电气塑料（中国）公司扩建工程、宁夏龙欣年产30万吨甲醇汽油项目、上海IIP项目、广东LNG项目、苏州尚美国际化妆品有限公司安装工程、天津LG项目烧碱装置等大型民用项目工程建设任务；并以BOT方式承建了江苏省徐州市荆马河污水处理厂一期工程。

在这一时期里，1998年8月，公司在第四届职工代表大会暨第五次工会会员代表大会召开之际，在燕郊总部举办了公司成立四十华诞庆祝活动。同月，公司第四次党代会在燕郊总部召开。

2000年10月，公司第二次科技大会在燕郊基地总部召开。

2003年10月，公司岭澳核电站和秦山三期坎杜核电站核岛安装工程等两项施工活动成果被评选为第八批中国企业新纪录并受到表彰。

2003年12月，公司“5235”人才工程首批人选确定，260余名员工入选。

2003年底，公司通过了ISO14000环境管理体系认证和OHSAS18000职工健康安全管理体系认证工作。

2004年6月，公司党委首次获得部级以上殊荣--被国资委党委授予“中央企业先进基层党组织”称号。

这一时期，公司奋发图强，改革步伐加大，综合实力不断增强。通过参加不同堆型的核电站建设，公司全面掌握了百万千瓦级大型商用核电站核岛安装的关键技术，形成了以核电站核岛主回路系统安装施工技术为代表的成套施工工艺技术和具有自主知识产权的计算机辅助管理系统，以精湛的技术和可靠的质量赢得了良好的信誉，巩固和发展了核电建设主力军和排头兵地位。同时，公司在国防系统工程和民用工程建设中也进一步树立了良好的形象。“中核二三”的品牌影响力进一步增强。